Diseño basado en la estructura
Cartera completa y escalable de herramientas científicas para respaldar el diseño basado en estructuras y en fragmentos
Facilite el descubrimiento de fármacos, desde el descubrimiento de aciertos hasta la optimización en las últimas fases
El diseño basado en la estructura (SBD) y el diseño basado en fragmentos relacionados (FBD) son estrategias muy asentadas en el desarrollo racional de fármacos de moléculas pequeñas. El conocimiento de cómo una molécula pequeña se une a una proteína ofrece ventajas considerables, tanto para priorizar compuestos para el cribado en las primeras fases como para optimizar la potencia y la selectividad.
BIOVIA Discovery Studio ofrece una cartera completa y escalable de herramientas científicas, como GOLD del Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), para respaldar y ayudar en las estrategias de SBD y FBD, desde el descubrimiento de aciertos hasta la optimización de candidatos en las últimas fases.
- Preparar
- Cribado
- Puntaje
- Extender
Preparar
- Analice y prepare estructuras 3D (por ejemplo, PDB, estructura de rayos X, modelo de homología) para SBD.
- Cree automáticamente moléculas vecinas basadas en el empaquetado de cristales y analice sus interacciones.
- Pronostique los estados de ionización de residuos con el pH elegido.
- Identifique y estudie los supuestos sitios de unión de ligandos.
- Prepare ligandos con un amplio conjunto de características y calcule las coordenadas 3D.
- Genere conformaciones de ligandos.
- Filtre los ligandos en función de la similitud de los fármacos, las propiedades moleculares o para eliminar grupos o características no deseados.
Cribado
- Identificación y optimización de aciertos
- Realice un cribado virtual de ligandos y fragmentos utilizando el motor de farmacóforos CATALYST o los métodos de acoplamiento LibDock o CDOCKER.
- Realice el acoplamiento con GOLD §.
- Realice la optimización de candidatos in situ utilizando transformaciones de reacciones de química farmacéutica clásicas y reactivos disponibles en el mercado.
- Identifique los núcleos estructurales o realice sustituciones del grupo R in situ utilizando fragmentos moleculares derivados de compuestos disponibles en el mercado.
§ Requiere licencia del Cambridge Crystallographic Data Centre
Puntaje
- Calcule las energías de unión con métodos basados en CHARMm MM-PBSA o MM-GBSA.
- Pronostique con precisión la energía relativa de unión del ligando para una serie de ligandos congenéricos utilizando el método de perturbación de energía libre (FEP).
- Calcule la energía libre relativa de unión para una biblioteca combinatoria de ligandos modelada por Multi-Site Lambda Dynamics (MSLD).
- Identifique los residuos críticos que interactúan mediante un conjunto completo de monitores no enlazados favorables, desfavorables e insatisfactorios.
- Perfile y priorice los resultados del cribado, optimizando la potencia y la especificidad del objetivo.
Extender
- Diseñe y optimice bibliotecas combinatorias como nuevos puntos de partida para el cribado posterior.
- Combine sus puntajes con los descriptores basados en QSAR clásicos, huellas dactilares y mecánica cuántica y cree modelos predictivos avanzados.
- Reduzca al mínimo la toxicidad con TOPKAT y optimice el perfil farmacocinético.
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