Modelado de productos bioterapéuticos y anticuerpos
Amplio conjunto de herramientas in silico para respaldar el diseño de productos bioterapéuticos
Mejora en el diseño y desarrollo de productos bioterapéuticos
Los productos bioterapéuticos ofrecen una gama de ventajas únicas con respecto a los fármacos de moléculas pequeñas. Su mayor afinidad y selectividad han permitido a los investigadores abordar nuevos y difíciles objetivos. Esto ha llevado a un aumento espectacular de los proyectos de I+D centrados en los anticuerpos y otras modalidades biológicas para el tratamiento, como los biespecíficos. Sin embargo, estos proyectos también deben superar retos similares en materia de seguridad y farmacocinética a los que se enfrentan las moléculas pequeñas, aunque desde una perspectiva diferente. Factores como la inmunogenicidad alta o la solubilidad baja pueden interrumpir el desarrollo de un candidato que de otro modo sería eficaz.
El modelado y la simulación pueden hacer avanzar significativamente el desarrollo de estas nuevas clases de terapias. Por ejemplo, los investigadores pueden predecir las propiedades de la formulación de un anticuerpo y sugerir mutaciones para mejorarlas rápidamente y a un bajo coste en comparación con la experimentación de laboratorio por sí sola. BIOVIA Discovery Studio ofrece un amplio conjunto de herramientas para ayudar a guiar el diseño de productos bioterapéuticos y permite a los equipos optimizar el rendimiento de los candidatos in silico y agilizar su trabajo físico.
- Modelo
- Diseño
- Predicción
Modelo
- Modelado automatizado en cascada para generar de forma rápida y sencilla modelos Fab o Fv de longitud completa de anticuerpos 3D de alta calidad a partir de un conjunto de secuencias de cadena de anticuerpos ligeras y pesadas y una selecta base de datos de plantillas de anticuerpos PDB.
- Soporte completo de los esquemas de anotación de anticuerpos más utilizados: IMGT, Chothia, Kabat y Honegger.
- Realice de forma simultánea e independiente varias alineaciones de secuencias de cadenas pesadas y ligeras.
- Herramientas especializadas adicionales para identificar estructuras de plantillas de anticuerpos y crear modelos de homología de alta calidad.
- Capacidad para construir estructuras biespecíficas de anticuerpos de longitud completa.
- Afine los bucles de CDR utilizando plantillas, injertos de bucle o modelos de bucle de novo.
- Realice un análisis detallado del modelo.
Diseño
- Realice predicciones de estabilidad mutacional y afinidad de unión térmicas o basadas en pH.
- Identifique las posibles ubicaciones del puente disulfuro estable.
- Realice el acoplamiento anticuerpo-antígeno con ZDOCK para identificar los residuos críticos que interactúan.
- Prediga mutaciones residuales para la humanización de anticuerpos sin comprometer la estabilidad o eficacia de los anticuerpos.
- Estudie la flexibilidad conformacional con simulaciones explícitas de dinámica molecular basada en disolventes (MD) utilizando CHARMm o NAMD.
Predicción
- Calcule las propiedades biofísicas, incluyendo el punto isoeléctrico, la solubilidad, la viscosidad (SCM*) y la propensión a la agregación (Índice de desarrollabilidad – SAP*) para evaluar la idoneidad para el desarrollo en las primeras etapas.
- Prediga los sitios propensos a las modificaciones postraslacionales (PTM) mediante la búsqueda por motivos basada en secuencias
*Con licencia del MIT
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