Diseño basado en ligandos y farmacóforos
Mejore el diseño terapéutico de moléculas pequeñas con las mejores herramientas de su clase
Las interacciones de unión de proteínas y ligandos surgen de una amplia variedad de factores estéricos y electroquímicos. Comprender estas interacciones puede ayudar a los investigadores a identificar más rápidamente los nuevos candidatos terapéuticos prometedores. Los farmacóforos asignan estas funciones en el espacio 3D, lo que proporciona un medio sencillo de cribar bibliotecas de compuestos virtualmente, caracterizar la unión de los candidatos existentes y optimizar su rendimiento.
BIOVIA Discovery Studio utiliza el conjunto de herramientas de modelado y análisis de farmacóforos CATALYST para ayudar en la evaluación de terapias de moléculas pequeñas con o sin datos estructurados con objetivo. Es compatible con el diseño de nuevos fármacos, el diseño de fármacos multiobjetivo y la elaboración de perfiles de actividad para impulsar la I+D de moléculas pequeñas.
- Generar
- Aplicar
- Diseñar
Generar
- Genere farmacóforos automáticamente a partir de los datos disponibles
- Conjuntos de ligandos activos
- Sitios de unión del receptor
- Complejos receptor-ligando
- Realice una validación rigurosa de farmacóforos basada en conjuntos de compuestos de control con actividad conocida.
- Las hipótesis pueden incluir:
- Consultas geométricas basadas en funciones
- Semejanza de forma
- Espacio "prohibido"
- Vaya más allá de las limitaciones de los algoritmos clásicos de elucidación de farmacofóforos explorando Ensemble Pharmacophores para conjuntos de compuestos diversos/muy grandes con riesgo de múltiples modos de acción
Aplicar
Realice estudios sólidos de cribado de farmacóforos.
- Genere y busque en bases de datos de conformaciones 3D.
- Considere y analice el espacio conformacional completo de sus ligandos.
- Explore la actividad fuera del objetivo y la reutilización de fármacos mediante la base de datos PharmaDB*.
Discovery Studio incluye ahora la base de datos de informes más extensa para la elaboración de perfiles de ligandos. Creada y validada con scPDB*, PharmaDB contiene aproximadamente 240 000 modelos de farmacóforos receptor-ligando.
Diseñar
Diseñe y caracterice sus ligandos y bibliotecas combinatorias.
- Enumere las bibliotecas basadas en reacciones o núcleos.
- Enumere los estados de ionización, tautómeros e isómeros.
- Filtre los candidatos de baja calidad con grupos funcionales no deseados y reglas de Lipinski y Veber o con sus propios criterios.
- Calcule las numerosas propiedades fisicoquímicas y de huella digital.
- Optimice las bibliotecas combinatorias mediante la optimización de Pareto y análisis de diversidad y similitud.
- Herramientas de agrupación en clústeres y visualización en 3D mediante análisis PCA.
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