Diseño y análisis de macromoléculas
Completa cartera de herramientas científicas validadas para todos los aspectos de la investigación basada en macromoléculas
Mejora de la investigación basada en macromoléculas
La determinación de la estructura tridimensional y las propiedades de las macromoléculas, como las enzimas y los anticuerpos, es un componente fundamental de una amplia gama de actividades de investigación. Por ejemplo, las diferentes conformaciones que surgen de la dinámica molecular normal o de las interacciones con ligandos u otras proteínas pueden revelar nuevos sitios de unión o proporcionar pistas sobre su función. Mientras que se han resuelto experimentalmente las estructuras de miles de moléculas, la obtención de datos estructurales de alta fidelidad sigue siendo un proceso nada trivial.
La simulación puede ir más allá de la experimentación física al proporcionar información sobre la estructura macromolecular. Además, técnicas como el modelado de homología pueden ayudar a predecir modelos estructurales para moléculas nuevas, guiando el diseño terapéutico y los esfuerzos de ingeniería de proteínas. BIOVIA Discovery Studio ofrece una completa cartera de herramientas científicas validadas líderes del mercado, capaces de ayudar en todos los aspectos de la investigación basada en macromoléculas.
- Búsqueda
- Modelo
- Diseño
Búsqueda
- Realice búsquedas de varias secuencias utilizando BLAST y PSI-BLAST en bases de datos locales o NCBI.
- Para varias proteínas de cadena, realice de forma simultánea e independiente varios alineamientos de secuencias de cada cadena de proteínas.
- Prediga las hélices transmembranales en secuencias de proteínas transmembranales.
- Prediga los sitios propensos a las modificaciones postraslacionales (PTM) mediante la búsqueda por motivos basada en secuencias.
Modelo
- Analice y prepare estructuras a partir de repositorios de estructuras 3D (p. ej., PDB).
- Genere modelos de estructura 3D utilizando MODELER.
- Verifique la calidad de un modelo de estructura.
- Utilice LOOPER para buscar sistemáticamente conformaciones de bucle y clasificar mediante CHARMm.
- Injerte conformaciones de bucle de una estructura de plantilla a un modelo de destino.
- Optimice sistemáticamente las cadenas laterales de aminoácidos mediante simulaciones CHARMm de ChiRotor.
- Utilice ZDOCK para realizar el acoplamiento proteína-proteína y examinar las interacciones de unión de la pareja.
- Estudie la flexibilidad conformacional con simulaciones explícitas de dinámica molecular basada en disolventes (MD) utilizando CHARMm o NAMD.
Diseño
- Prediga las propiedades eléctricas de la proteína, incluidos los estados de estabilidad y protonación dependientes del pH y el punto isoeléctrico.
- Realice predicciones de estabilidad mutacional y afinidad de unión térmicas o basadas en pH.
- Identifique las posibles ubicaciones del puente disulfuro estable.
- Calcule las propiedades biofísicas importantes para la formulación de proteínas, incluida la viscosidad y la solubilidad.
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