リガンドおよびファーマコフォアベースの設計
最高クラスのツールで低分子医薬品設計を強化
タンパク質とリガンドの結合相互作用は、さまざまな立体的および電気化学的要因から生じます。これらの相互作用を理解すると、見込みのある新しい治療薬候補をより迅速に見つけられます。ファーマコフォアはこれらの特徴を 3D 空間にマッピングし、化合物ライブラリを仮想的にスクリーニングし、既存のリードの結合を特性化してそのパフォーマンスを最適化する、簡単な手段となります。
BIOVIA Discovery Studio は CATALYST ファーマコフォア・モデリングおよび解析ツールセットを活用して、ターゲット構造データがある場合とない場合の低分子治療薬の評価を支援します。de novo 医薬品設計、マルチターゲット医薬品設計、活性プロファイリングをサポートして、低分子の研究開発を推進します。
- 構築
- 適用
- 設計
構築
- 利用できるデータからファーマコフォアを自動生成
- 活性化合物セット
- 受容体の結合部位
- 受容体とリガンドの複合体
- 既知の活性を持つコントロール化合物のセットに基づいて厳密なファーマコフォア検証を実行
- 仮説に含まれるもの
- 幾何学的な機能ベースのクエリ
- 形状の類似性
- 「禁止」スペース
- 従来のファーマコフォア解明アルゴリズムの限界を乗り越え、複数のアクション・モードが存在する懸念のある超大型/多様な化合物セットをアンサンブル・ファーマコフォアで探索
適用
堅牢なファーマコフォア・スクリーニング研究を実施
- 3D 配座データベースを構築および検索
- リガンドの構造空間全体を考慮して解析
- PharmaDB* データベースを使用して、オフターゲット・アクティビティおよびドラッグ・リパーパシングを探索
Discovery Studio には、リガンド・プロファイリング用に最も多く報告されているデータベースが追加されました。scPDB* から構築および検証された PharmaDB には、およそ 24 万件の受容体-リガンドのファーマコフォア・モデルが登録されています。
設計
リガンドとコンビナトリアル・ライブラリの設計と特徴づけ
- 反応またはコアベースのライブラリを列挙
- イオン化状態、互変異性体、異性体を列挙
- 望ましくない官能基グループ、Lipinski および Veber ルールまたはユーザー自身の基準により、性能の低い候補を除外
- 多数の物理化学的特性およびフィンガープリント特性を計算
- パレート最適化、多様性解析、相似解析を使用して、コンビナトリアル・ライブラリを最適化
- PCA 解析を使用したクラスタリング・ツールと 3D 視覚化
さあ、始めましょう
BIOVIA Discovery Studio で創薬を加速しましょう。
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その他の情報
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