基于结构的设计
全面、可扩展的科学工具产品组合，支持基于结构的设计和基于片段的设计
从药物靶点发现到后期优化，促进药物发现
基于结构的设计 (SBD) 和相关的基于片段的设计 (FBD) 是小分子药物合理开发的成熟策略。了解小分子如何结合成蛋白质将具有显著优势，不仅有利于早期筛选中优先选择化合物，还可以优化药物效力和选择性。
BIOVIA Discovery Studio 提供全面、可扩展的科学工具产品组合，包括来自剑桥晶体数据中心 (CCDC) 的 GOLD，以支持和协助基于结构的设计和基于片段的设计策略，并贯穿从药物靶点发现到后期先导化合物优化阶段。
- 制备
- 筛选
- 评分
- 扩展
制备
- 分析并制备 SBD 的 3D 结构（例如 PDB、X 射线结构、同源模型）
- 基于晶体堆积自动构建相邻分子并分析其相互作用
- 预测选定 pH 值下的残基电离状态
- 鉴定并研究假定的配体结合位点
- 制备具有广泛特征的配体并计算 3D 坐标
- 生成配体构象
- 根据药物相似性和分子性质过滤配体，或去除不需要的基团或特性
筛选
- 药物靶点识别和优化
- 使用 CATALYST 药效团引擎、LibDock 或 CDOCKER 对接方法，对配体和片段进行虚拟筛选
- 利用 GOLD § 进行对接
- 使用经典的药物化学反应转化和市售试剂进行原位先导化合物优化
- 使用从市售化合物中提取的分子片段进行骨架跃迁或原位 R-基团取代
§ 需要获得剑桥晶体数据中心的许可证
评分
- 使用 MM-PBSA 或 MM-GBSA 基于 CHARMm 的方法计算结合能
- 使用自由能微扰法 (FEP) 准确预测同类配体系列的相对配体结合能
- 计算根据多位点 λ 动力学 (MSLD) 建模的配体组合库的相对结合自由能
- 使用一套全面的有利、不利和未满足的非键合监测指标，确定重要的相互作用残基
- 对筛选药物靶点进行分析和确定优先级，优化药物效力和靶标特异性
扩展
- 设计和优化组合库，作为进一步筛选的新起点。
- 将评分与经典 QSAR、指纹图谱和基于量子力学的描述符相结合，创建先进的预测模型
- 使用 TOPKAT 将毒性降至最低，并优化药代动力学特征。
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