高分子设计和分析
全面的经过验证的科学工具产品组合,适用于基于高分子的研究的各个方面
增强基于高分子的研究
确定酶和抗体等高分子的三维结构和属性是各种研究活动的基本组成部分。例如,由正常分子动力学产生的或者因与配体或其他蛋白质相互作用而产生的不同构象可能揭示新的结合位点,或提供有关其功能的线索。虽然研究人员已通过实验解析了成千上万种分子的结构,但想要获得高保真度的结构数据仍然并非易事。
仿真可以提供高分子结构的深度见解,从而增强物理实验。此外,同源建模等技术还有助于预测新型分子的结构模型,为疗法设计和蛋白质工程工作提供指导。BIOVIA Discovery Studio 提供了全面的、市场领先的、经过验证的科学工具产品组合,能够从各个方面协助完成基于高分子的研究。
- 搜索
- 模型
- 设计
搜索
- 使用 BLAST 和 PSI-BLAST 对本地或 NCBI 数据库执行多序列搜索
- 对于多链蛋白,同时独立地对每条蛋白链进行多重序列比对
- 预测跨膜蛋白序列中的跨膜螺旋
- 利用基于序列的基序搜索,预测容易发生翻译后修饰 (PTM) 的位点
模型
- 从 3D 结构存储库(例如 PDB)中分析和准备结构
- 使用 MODELER 生成 3D 结构模型
- 验证结构模型的质量
- 使用 LOOPER 系统化搜索环路构象,并使用 CHARMm 进行排序
- 将模板结构中的环路构象嫁接到目标模型上
- 利用 ChiRotor CHARMm 仿真来系统地优化氨基酸侧链
- 使用 ZDOCK 执行蛋白-蛋白对接并检查结合伴侣的相互作用
- 使用 CHARMm 或 NAMD 进行基于显式溶剂的分子动力学 (MD) 仿真,研究构象灵活性
设计
- 预测蛋白质的电气性能,包括与 pH 值相关的稳定性、质子化状态和等电点
- 进行基于热或 pH 值的突变稳定性及结合亲和力预测
- 确定潜在的稳定二硫键位置
- 计算对蛋白质配方非常重要的生物物理特性,包括粘度和溶解度
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