生物疗法与抗体建模
一套丰富的、支持生物疗法设计的计算机仿真工具
加强生物疗法的设计与开发
与小分子药物相比,生物疗法具有一系列独特的优势。它们的亲和力和选择性更高,助力研究人员攻克新的困难靶标。这导致以抗体和其他生物治疗方式(如双特异性抗体)为中心的研发项目急剧增加。然而,这些项目也和小分子药物一样,必须克服在安全性和药代动力学方面所面临的类似挑战,只不过角度不同而已。某个候选药物也许在其他方面有效,却因为高免疫原性或低溶解度等因素导致停止开发。
建模和仿真可以显著推进这些新型疗法的开发。例如,与单独进行实验室实验相比,研究人员可以预测抗体的配方特性,并提出突变建议,以快速且低成本地改进其特性。BIOVIA Discovery Studio 提供了一套丰富的工具,帮助指导生物疗法的设计,使团队能够通过计算机仿真方法优化候选药物的性能,并简化其物理工作。
- 建模
- 设计
- 预测
建模
- 在自动化建模级联下,只要有一组轻链抗体和重链抗体序列以及一个精选的 PDB 抗体模板数据库,就能快速轻松地生成高质量的 3D 抗体全长、Fab 或 Fv 模型
- 全面支持常用的抗体注释方案 - IMGT、Chothia、Kabat 和 Honegger
- 同时且独立地执行重链和轻链的多重序列比对
- 还有其他专家工具,可以识别抗体模板结构并构建高质量的同源模型
- 能够构建双特异性全长抗体结构
- 利用模板、环嫁接或从头环建模中的任一方法优化 CDR 环
- 进行详细的模型分析
设计
- 进行基于热或 pH 值的突变稳定性及结合亲和力预测
- 确定潜在的稳定二硫键位置
- 使用 ZDOCK 进行抗体-抗原对接,以确定关键的相互作用残基
- 预测抗体人源化的残基突变,同时不影响抗体稳定性或有效性
- 使用 CHARMm 或 NAMD 进行基于显式溶剂的分子动力学 (MD) 仿真,研究构象灵活性
预测
- 计算生物物理特性,包括等电点、溶解度、粘度 (SCM*) 及聚合倾向(可展性指数 – SAP*),以便在早期阶段评估开发适宜性
- 利用基于序列的基序搜索,预测容易发生翻译后修饰 (PTM) 的位点
*获得 MIT 许可
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