TURBOMOLE®

量子化学手法開発の草分け的存在である TURBOMOLE は、許容可能な計算コストで現実的なアプリケーションの正確なモデリングが可能です。

最重要モジュールの並列 MPI バージョンは、90 年代半ばに IBM RS6000 クラスターに実装されました。効率的なシリアル・コードを並列化して、限られた数の CPU で処理を合理的にスピードアップしていました。後に拡張され、大規模な並列システムで実行するようになりました。

簡単に使える新しい SMP の並列化とマルチコア・システムは最近開発されたもので、一般的で安価な標準の PC や、数百基の CPU を搭載した高性能な NUMA システムでの時間短縮を実現しています。

標準的な Linux ディストリビューションを実行している最新 PC で最もよく使用されるタスクを扱った典型的な計算の一覧は、こちらからダウンロードいただけます。

TmoleX は、TURBOMOLE の計算をすばやく処理するための使いやすいグラフィカル・ユーザー・インターフェースです。従来の量子化学スイートはコマンド・ラインやスクリプトを使用するパワー・ユーザー向けのものでしたが、TmoleX なら量子化学の計算処理を簡単に習得して実行できます。TURBOMOLE の使用頻度が高くない場合に最適なツールです。

ジョブの操作/使いやすさ

• ローカルまたはリモート・サーバーで単一の分子ジョブを開始する
• ローカルおよびリモートで複数のバッチ・ジョブを開始する。すべての分子に対して、定義済みの標準計算手順(ジョブ・テンプレート)が使用される
• ジョブ・テンプレート(基底関数系、手法、ジョブの種類など)を定義して変更すると、後で単一の分子ジョブやバッチ・ジョブに使用できる
• ローカルおよびリモートのジョブ用のシンプルなビルトイン・キューイング・システム。使用可能な CPU の数を定義すると、TmoleX で許容される CPU がすべて作業に投入されるまで、ジョブが送信される。ジョブを追加すると、ジョブは CPU が空くまでキューに入れられて待機する

インポート/エクスポートおよび視覚化

• .xyz、sdf、ml2、mol2、pdb、.chem3d など、多くの共通ファイル形式および .car、arc、.cosmo、.energy、coord、.cml など、特殊なファイル形式からインポート
• xyz、sdf、ml2、pdb、.chem3d、.cosmo、.energy、coord、.cml にエクスポート
• 生命科学アプリケーション向けに SMILES から 3D 構造を生成
• 統合型分子ビルダー
• MO を WFN、Molden、AOMix にエクスポート

手法およびツール

• TURBOMOLE で提供されているすべての基底関数系を選択可能
• 分子軌道の生成および占有の自動計算
• 対称性の検出
• Hartree-Fock、DFT、MP2、TDDFT、DFT+ 分散力、SCS/SOS-MP2、CC2、SCS/SOS-CC2、CCSD、CCSD(T)、RI-RPA、PNO-CCSD(T)、AM1、PM6、GFN2-xTB
• DFT の RI、MP2、CC2 計算で補助基底関数系を自動的に割り当て
• 基底状態および励起状態の一点計算および構造最適化
• DFT および HF 一点計算および構造最適化ための連続溶媒和モデル
• 振動周波数、NMR 遮蔽定数、UV/VIS および VCD のスペクトル計算、ポピュレーション解析、双極子モーメントなど
• 制約のある構造最適化、スキャン
• 遷移状態検索
• 力場または半経験的手法による事前の構造最適化
• 一般的な設定: 収束しきい値、最大反復回数など

グラフィカル・ユーザー・インターフェース TmoleX を含む、DEMO バージョンの TURBOMOLE は、以下でダウンロードいただけます。

• TURBOMOLE DEMO for Linux
• TURBOMOLE DEMO for Windows
• TURBOMOLE DEMO for MacOS

ドキュメントは、リソース・センターまたは以下のリンクにあります。

• TURBOMOLE のドキュメント
• TmoleX ユーザー・ガイド
• www.turbomole.org/turbomole/utilities _blank external-link-new-window>処理前、処理後のツール、アドオンなどはこちら