고분자 설계 및 분석
고분자 기반 연구의 모든 측면을 위한 검증된 과학적 도구 포괄 포트폴리오
고분자 기반 연구 강화
효소 및 항체와 같은 고분자의 입체 구조 및 특성을 파악하는 것은 광범위한 연구 활동의 기초가 됩니다. 예를 들어, 일반 분자 역학 또는 리간드나 기타 단백질과의 상호작용에서 기인한 서로 다른 형태는 새로운 결합 지점을 나타내거나 기능에 대한 단서를 제공할 수 있습니다. 수천 개의 분자가 실험에서 확인된 구조를 가지고 있기 때문에 고품질의 구조 데이터를 확보하는 것은 중요한 프로세스입니다.
시뮬레이션은 고분자 구조에 대한 인사이트를 제공하여 물리적인 실험을 추가할 수 있습니다. 또한, 상동성 모델링과 같은 기술은 새로운 분자에 대한 구조 모델을 예측할 수 있도록 하여 치료제 설계 및 단백질 엔지니어링의 방향을 안내할 수 있습니다. BIOVIA Discovery Studio는 고분자 기반 연구의 모든 측면을 지원할 수 있는 시장을 선도하고 검증된 과학 도구의 포괄적인 포트폴리오를 제공합니다.
- 검색
- 모델
- 설계
검색
- 로컬 또는 NCBI 데이터베이스에 대해 BLAST 및 PSI-BLAST를 사용하여 다중 순차 검색 수행
- 다중 체인 단백질의 경우, 각 단백질 체인의 다중 순차 정렬을 동시 및 독립적으로 수행
- 막전위 단백질 시퀀스에서 막전위 나선 예측
- 시퀀스 기반 모티브 검색을 사용하여 변환 후 수정(PTM)의 경향이 있는 지점 예측
모델
- 3D 구조 저장소에서 구조 분석 및 준비(예: PDB)
- MODELER를 사용하여 3D 구조 모델 생성
- 구조 모델의 품질 검증
- LOOPER를 사용하여 루프 형태를 체계적으로 검색하고 CHARMm을 사용하여 순위 매김
- 템플릿 구조에서 루프 형태를 대상 모델에 이식
- ChiRotor CHARMm 시뮬레이션을 사용하여 아미노산 사이드 체인을 체계적으로 최적화
- ZDOCK를 사용하여 단백질-단백질 도킹을 수행하고 결합 파트너 상호작용 검사
- CHARMm 또는 NAMD를 사용하는 명시적인 용매 기반 분자 역학(MD) 시뮬레이션으로 형태적 유연성 연구
설계
- pH 의존 안정성과 양성자화 상태 및 등전위 지점을 포함하는 단백질의 전기적 특성 예측
- 열 또는 pH 기반 상호 안정성 및 결합 선호도 예측 수행
- 잠재적인 안정적 이황화물 결합 위치 식별
- 점도 및 용해도를 포함하여 단백질 포뮬레이션에 중요한 생물물리학적 특성 계산
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