바이오 치료법 및 항체 모델링
바이오 치료법의 설계를 지원하는 풍성한 인실리코 도구
바이오 치료법 설계 및 개발 강화
바이오 치료법은 소분자 약물에 비해 광범위하고 고유한 이점을 제공합니다. 증가된 친화성과 선택성으로 인해 연구자들은 새롭고 어려운 대상을 다룰 수 있습니다. 이로 인해 항체 및 이중 특이적 항체와 같은 치료를 위한 기타 생물학적 방식에 중점을 둔 R&D 프로젝트가 극적으로 증가했습니다. 그러나 이러한 프로젝트는 서로 다른 관점이 있을 수 있지만 소분자 의약품이 직면한 안전성 및 약동학의 유사한 문제를 극복해야만 합니다. 높은 면역원성 또는 낮은 용해도와 같은 요인은 그렇지 않으면 효과적인 후보 물질의 개발을 저해할 수 있습니다.
모델링 및 시뮬레이션은 이러한 새로운 종류의 치료법 개발을 크게 발전시킬 수 있습니다. 예를 들어, 연구원들은 항체의 포뮬레이션 특성을 예측하고 이를 실험실 실험만으로는 어려운 속도와 낮은 비용으로 이를 개선하기 위한 변이를 제안할 수 있습니다. BIOVIA Discovery Studio는 바이오 치료법 설계를 안내하는 풍부한 도구 세트를 제공하여 팀에서 인실리코 방식으로 후보 물질의 성능을 최적화하고 실제 작업을 간소화할 수 있도록 지원합니다.
- 모델
- 설계
- 예측
모델
- 자동화된 모델링 확산 과정을 통해 경쇄 및 중쇄 항체 시퀀스 세트와 정제된 PDB 항체 템플릿 데이터베이스를 기반으로 고품질의 3D 항체 전장, Fab, 또는 Fv 모델을 손쉽고 신속하게 생성할 수 있습니다.
- 일반적으로 사용되는 항체 주석 체계에 대한 완전한 지원 - IMGT, Chothia, Kabat, Honegger
- 중쇄 및 경쇄의 여러 시퀀스 정렬을 동시에 독립적으로 수행
- 항체 템플릿 구조를 식별하고 고품질 상동성 모델을 구축하기 위한 추가적인 전문가 도구
- 이중 특이적 전장 항체 구조를 구축하는 기능
- 템플릿, 루프 그래프팅 또는 de novo 루프 모델링 중 하나를 사용하여 CDR 루프 정제
- 자세한 모델 분석 수행
설계
- 열 또는 pH 기반 상호 안정성 및 결합 선호도 예측 수행
- 잠재적인 안정적 이황화물 결합 위치 식별
- ZDOCK을 사용하여 항체-항원 도킹을 수행하여 중요한 상호 작용 잔류물 식별
- 항체 안정성 또는 효율성 손상 없이 항체 인간화를 위한 잔류물 변이 예측
- CHARMm 또는 NAMD를 사용하는 명시적인 용매 기반 분자 역학(MD) 시뮬레이션으로 형태적 유연성 연구
예측
- 등전위 지점, 용해도, 점성(SCM*) 및 응집 경향(개발 가능성 지수 - SAP*)을 포함한 생물물리학적 특성 계산을 통해 개발 적합성의 조기 평가
- 시퀀스 기반 모티브 검색을 사용하여 변환 후 수정(PTM)의 경향이 있는 지점 예측
*IMIT의 라이선스 취득
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