생물학 컬렉션
생물학 데이터에서 얻은 실행 가능한 인사이트
차세대 치료법 발견 촉진
생물학적으로 관련된 데이터는 차세대 시퀀싱(NGS), 유전자 표현, 질량 분석, 시퀀스 데이터 등 다양한 형태로 등장합니다. 그 결과, 이러한 유형의 데이터를 처리하는 도구는 가치를 도출하기 위해 데이터 사이언스 및 생물학 모두에 대한 깊은 기술적 지식을 필요로 합니다. BIOVIA Pipeline Pilot 생물학 컬렉션은 과학자 및 프로그래머가 생물학 데이터를 분석하고, 실행 가능하며 과학적으로 관련된 인사이트를 생성하기 위한 솔루션을 빠르게 개발할 수 있도록 하는 기술 기반을 제공합니다.
컬렉션의 이점
생물학자들은 데이터의 홍수 속에 있습니다. BIOVIA Pipeline Pilot 생물학 컬렉션은 다양한 유형의 생물학 데이터 분석 및 보고를 간소화하기 위한 분야별 도구를 제공하며, 이를 통해 업계 표준 또는 맞춤형 방법을 통합하여 데이터를 최대한 활용하고 차세대 치료법을 발견할 수 있습니다.
- 차세대 시퀀싱
- 시퀀스 분석
- 유전체학 및 단백질 유전정보학
생명과학 연구 조직들은 대규모 유전체 시퀀싱 데이터를 적용하여 개인화된 의약품, 농업 연구 및 바이오 연료 개발과 같은 영역을 탐구합니다.
차세대 시퀀싱(NGS) 컬렉션은 비교할 수 없는 능력과 유연성으로 데이터를 분석할 준비가 된 NGS 데이터 분석 파이프라인의 포괄적인 분류를 제공합니다.
- 광범위한 NGS 분석을 생성합니다. De novo 조립, 참조 매핑, SNP 및 구조 변형 감지, RNA-Seq, CNV-Seq, ChIP-Seq, Methyl-Seq 및 대규모 유전체 비교
- 산업 표준 알고리즘 통합 BWA-MEM, Bowtie 2, GATK, BreakDancer, TopHat, Cufflinks, SAMtools, Velvet
- NGS 데이터 파일의 사용을 간소화합니다. 참조 시퀀스, 정렬 및 기능 주석
- 분석, 해석 및 보고를 간소화합니다. GBrowse, IGV, Tablet 및 Circos와 대화형 그래프, 테이블 및 차트
시퀀스 분석 컬렉션은 실용적인 시퀀스 분석 워크플로를 위한 핵심적인 생물정보학 기능과 알고리즘을 제공합니다. 180개 이상의 서로 다른 컴포넌트 기능으로 다양한 산업 방법 또는 자체 구축 방법을 사용하여 DNA 및 단백질 시퀀스를 분석하고 주석을 답니다.
- 시퀀스 정렬을 생성합니다. 다중 시퀀스를 ClustalW에 정렬하고 숨겨진 Markov 모델(HMM) 구축
- 패턴 일치를 간소화합니다. PROSITE 영역, GC 풍부 영역, 단백질 분해 분열 지점, 제한 효소 지점, 신호 펩타이드 분열 지점, 개방형 프레임 읽기 또는 정기적인 표현 패턴 식별
- 유사성 검색을 수행합니다. BLAST, PSI-BLAST 또는 MegaBLAST
- 시퀀스에 주석 달기 및 조작
- DNA: 프라이머 식별, GC 함량 분석, 6-프레임 해석, 역상보 서열 생성, siRNA 표적 부위 예측
- 단백질: 역해석, 이차 구조 예측 및 등전위 지점
- 타사 도구 및 데이터베이스와 통합합니다. BioPerl, NCBI BLAST, GCG 프로그램, EMBOSS 도구, BioJava, Entrez 및 EB-eye 쿼리 실행
Omics 기반 분석은 대규모 및 광범위한 분야간 데이터 유형을 필요로 합니다. 유전자 발현 및 질량 분석 컬렉션은 맞춤형 -omics 워크플로를 생성하고 자동화하기 위한 포괄적인 도구를 제공합니다.
- 접근성을 높입니다. 스크립팅 또는 R 패키지 없이 BioConductor 도구 사용
- 타사 데이터 소스에 액세스합니다. GEO 데이터 세트 다운로드 및 분석
- 펩타이드 및 매핑된 단백질을 추출합니다. X!Tandem
- 특징 피크를 추출, 식별 및 정렬합니다. XCMS
- 태그된 샘플을 분석합니다. 단백질 풍부도의 ASAPRatio 계산
- 다양한 형식을 지원합니다. .RAW*, .wiff, SEQUEST DTA, ANDI(netCDF), Mascot MGF 또는 mzXML 파일로 읽기
- 데이터를 시각화합니다. 대화형 크로마토그램, 2D 질량 분석 실행 차트, 스캔 차트, 특징 피크 차트, 유지 시간 변화 차트, 단편도, 펩타이드 및 단백질 뷰어(드릴 다운 기능 및 히트맵 포함) 활용
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