Ligand- und Pharmakophor-basiertes Design
Niedermolekulares Therapeutikadesign mit branchenführenden Tools optimieren
Die Bindungswechselwirkungen von Proteinen und Liganden entstehen durch eine Vielzahl sterischer und elektrochemischer Faktoren. Das Verständnis dieser Wechselwirkungen kann Forschern helfen, viel versprechende neue therapeutische Kandidaten schneller zu identifizieren. Pharmakophore bilden diese Funktionen im 3D-Raum ab und bieten eine einfache Möglichkeit, Bibliotheken mit Verbindungen virtuell zu screenen, die Bindung vorhandener Leitstrukturen zu charakterisieren und ihre Leistung zu optimieren.
BIOVIA Discovery Studio verwendet das Toolset CATALYST Pharmacophore Modeling and Analysis, um die Bewertung von niedermolekularen Therapeutika mit oder ohne zielstrukturierte Daten zu unterstützen. Es unterstützt das De-novo-Wirkstoffdesign, Multi-Target-Wirkstoffdesign und Aktivitätsprofiling, um die Forschung und Entwicklung kleinerer Moleküle voranzutreiben.
- Fertigen
- Anwenden
- Design
Fertigen
- Aus den verfügbaren Daten automatisch Pharmakophore erzeugen
- Sets aktiver Liganden
- Rezeptor-Bindungsstellen
- Rezeptor-Ligand-Komplexe
- Führen Sie eine gründliche Pharmakophor-Validierung auf der Grundlage von Kontrollsubstanzen mit bekannter Aktivität durch.
- Hypothesen können Folgendes beinhalten
- Geometrische, funktionsbasierte Abfragen
- Formähnlichkeit
- „Verbotener“ Bereich
- Gehen Sie über die Grenzen der klassischen Pharmakophor-Elutionsalgorithmen hinaus, indem Sie Ensemble-Pharmakophore für sehr große, vielfältige Wirkstoffgruppen mit dem Risiko mehrerer Wirkungsweisen untersuchen
Anwenden
Durchführung von soliden Pharmakophor-Screening-Studien
- Erstellen und Durchsuchen von Datenbanken mit 3D-Konformationen
- Prüfen und Analysieren des gesamten Anpassungsraums Ihrer Liganden
- Untersuchen der Off-Target-Aktivität und Umfunktionierung der Arzneimittel mithilfe der PharmaDB* Datenbank
Discovery Studio enthält jetzt die umfangreichste Datenbank für Ligand-Profiling. PharmaDB enthält ca. 240.000 Rezeptor-Ligand-Pharmakophor-Modelle und wurde mit der scPDB* erstellt und validiert.
Design
Entwurf und Charakterisierung von Liganden und kombinatorischen Bibliotheken
- Auflisten von Reaktions- oder Core-basierte Bibliotheken
- Auflisten von Ionisierungsstatus, Automatisierern und Isomeren
- Filtern schlechter Kandidaten mit unerwünschten Funktionsgruppen und Lipinski- und Veber-Regeln oder Ihren eigenen Kriterien
- Berechnung zahlreicher physikalisch-chemischer Eigenschaften und Fingerabdruckeigenschaften
- Optimieren der kombinatorischen Bibliotheken mithilfe von Pareto-Optimierungs-, Diversitäts- und Ähnlichkeitsanalysen
- Clustering-Tools und 3D-Visualisierung mit PCA-Analyse
Beginnen Sie Ihre Reise
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