Collections Biology
Informations exploitables basées sur les données de biologie
Faciliter la découverte de produits thérapeutiques de nouvelle génération
Les données biologiques pertinentes se présentent sous diverses formes : séquençage nouvelle génération (NGS), expression génique, spectrométrie de masse, données de séquence et bien d'autres encore. Par conséquent, pour valoriser ces types de données, les outils qui les traitent exigent des connaissances techniques approfondies en science des données et en biologie. Les collections Biology BIOVIA Pipeline Pilot fournissent le socle technique permettant aux scientifiques et aux programmeurs de développer rapidement des solutions d'analyse des données biologiques et de générer des informations exploitables et scientifiquement pertinentes.
Avantages des collections
Les biologistes se noient sous la masse de données. Les collections Biology BIOVIA Pipeline Pilot offrent des outils propres à la discipline destinés à simplifier l'analyse et la création de rapports portant sur différents types de données biologiques. Elles vous permettent d'intégrer des méthodes standard du secteur ou des méthodes personnalisées pour tirer le meilleur parti de vos données et faciliter la découverte de produits thérapeutiques de nouvelle génération.
- Next-Generation Sequencing
- Sequence Analysis
- Génomique et protéomique
Les unités de recherche en sciences de la vie appliquent des données de séquençage génomique à grande échelle pour explorer des domaines tels que la médecine personnalisée, la recherche en agriculture et le développement de biocarburants.
La collection Next Generation Sequencing (NGS) offre un éventail complet de pipelines d'analyse des données NGS prêts à l'emploi, présentant une puissance et une flexibilité inégalées.
- Génération d'un large éventail d'analyses NGS : assemblage de novo, mappage à la référence, détection des variants de structure et des SNP (polymorphismes nucléotidiques), RNA-Seq (séquençage de l'ARN), CNV-Seq (séquençage de variation du nombre de copies), Chip-Seq (séquençage de l'immunoprécipitation de chromatine), Methyl-Seq (séquençage de méthylation) et comparaisons génomiques à grande échelle
- Intégration d'algorithmes standard : BWA-MEM, Bowtie 2, GATK, BreakDancer, TopHat, Cufflinks, SAMtools et Velvet
- Simplification de l'utilisation des fichiers de données NGS : séquences de référence, alignements et annotations de fonction
- Simplification de l'analyse, de l'interprétation et de la création de rapports : GBrowse, IGV, Tablet et Circos, ainsi que des graphiques, tableaux et graphiques interactifs
La collection Sequence Analysis propose des fonctionnalités et des algorithmes de bio-informatique essentiels pour créer des workflows d'analyse de séquence pratiques. Avec plus de 180 fonctions de composants, elle vous permet d'analyser et d'annoter les séquences d'ADN et de protéines à l'aide de diverses méthodes standard du secteur ou en créant la vôtre.
- Génération d'alignements de séquences : aligner plusieurs séquences avec ClustalW et créer des modèles Markov cachés (HMs)
- Simplification de la correspondance de schémas : identifier les régions PROSITE, les régions riches en GC, les sites de clivage protéolytique, les sites d'enzymes de restriction, les sites de clivage de peptide signal, les cadres de lecture ouverts ou les schémas d'expression régulière
- Recherche de similarités : BLAST, PSI-BLAST ou MegaBLAST
- Annotation et manipulation de séquences
- Pour l'ADN : identification de l'amorce, contenu GC, traduction des six cadres de lecture, complément inverse et prédiction du site cible des petits ARN interférents (siARN)
- Pour les protéines : traduction inverse, prédiction de la structure secondaire et point isoélectrique
- Intégration de bases de données et d'outils tiers : exécuter des programmes BioPerl, NCBI BLAST et GCG, ainsi que les outils EMBOSS, BioJava, Entrez et les requêtes EB-eye
Les analyses Omics nécessitent de grands volumes et un large éventail de types de données interdisciplinaires. Les collections Gene Expression et Mass Spectrometry contiennent des outils complets pour créer et automatiser des workflows Omics personnalisés.
- Accessibilité améliorée : utiliser les outils BioConductor sans scripts ni packages R
- Accès à des sources de données tierces : télécharger et analyser les ensembles de données GEO
- Extraction des peptides et des protéines cartographiées : X!Tandem
- Extraction, identification et alignement des pics de fonction : XCMS
- Analyse des échantillons marqués : calculer la valeur ASAPRatio du degré d'abondance des protéines
- Prise en charge d'une variété de formats : fichiers RAW*, .wiff, SEQUEST DTA, ANDI (netCDF), Mascot MGF ou mzXML
- Visualisation des données : utiliser des chromatogrammes interactifs, ainsi que divers types de graphiques (de séquences en spectrométrie de masse 2D, de scans, de pics, de variation du temps de rétention), des fragmentogrammes, des visualiseurs de peptides et de protéines avec des cartes de chaleur et de détail
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