Conception basée sur les ligands et les pharmacophores
Améliorer la conception de produits thérapeutiques à petites molécules en employant des outils de référence
Les interactions de liaison entre les protéines et les ligands sont dues à différents facteurs stériques et électrochimiques. La compréhension de ces interactions peut aider les chercheurs à identifier plus rapidement de nouveaux candidats thérapeutiques prometteurs. Les pharmacophores mappent ces fonctionnalités dans l'espace 3D, offrant ainsi un moyen simple de filtrer virtuellement des bibliothèques de composés, de caractériser la liaison des têtes de série (leads) existantes et d'optimiser leurs performances.
BIOVIA Discovery Studio utilise les outils de modélisation et d'analyse de pharmacophores CATALYST pour faciliter l'évaluation des produits thérapeutiques à petites molécules avec ou sans données structurées cibles. Il prend en charge la conception de médicaments de novo et multicibles, ainsi que le profilage d'activités afin d'encourager la recherche et le développement sur les petites molécules.
- Création
- Application
- Conception
Création
- Générer automatiquement des pharmacophores à partir des données disponibles
- Ensembles de ligands actifs
- Sites de liaison des récepteurs
- Complexes récepteur-ligand
- Valider rigoureusement les pharmacophores à partir d'ensembles de composés de contrôle ayant une activité connue
- Les hypothèses peuvent comprendre les éléments suivants :
- Requêtes géométriques basées sur des fonctionnalités
- Similarité de forme
- Espace « interdit »
- Dépasser les limites des algorithmes d'élucidation classiques en explorant les pharmacophores d'ensemble pour des jeux de composés très vastes/divers présentant un risque de modes d'action multiples
Application
Réaliser de solides études de criblage à l'aide de pharmacophores
- Créer des bases de données de conformations en 3D pour y opérer des recherches
- Examiner et analyser l'espace de conformation complet de vos ligands
- Explorer l'activité hors cible et la réutilisation de médicaments à l'aide de la base de données PharmaDB*
Discovery Studio comprend désormais la base de données la plus complète pour le profilage des ligands. Développée à partir de scPDB* et validée à l'aide de cette banque de données, la base de données PharmaDB compte environ 240 000 modèles de pharmacophores récepteur-ligand.
Conception
Concevoir et caractériser les bibliothèques de ligands et combinatoires
- Énumérer les bibliothèques basées sur les réactions ou les noyaux
- Énumérer les états d'ionisation, les tautomères et les isomères
- Filtrer les candidats médiocres en utilisant des groupes fonctionnels indésirables, les règles de Lipinski et de Veber ou d'autres critères personnalisés
- Calculer une multitude de propriétés physico-chimiques et basées sur les empreintes digitales
- Optimiser les bibliothèques combinatoires à l'aide de la loi d'optimisation de Pareto et des analyses de diversité et de similarité
- Utiliser des outils de mise en clusters et de visualisation 3D avec l'analyse en composantes principales (PCA).
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